山西省農(nóng)業(yè)科學院棉花研究所成立于1948年，占地162公頃，其中試驗田100公頃。現(xiàn)有在職職工268人，其中研究員14人，副研究員30人，助理研究員70人。主要從事棉花、小麥、玉米、油葵、甘薯、蔬菜等作物種質(zhì)資源創(chuàng)新及新品種選育，作物基因工程研究，作物栽培及植保技術(shù)研究，植物脫毒技術(shù)研究與開發(fā)，微生物研究利用以及農(nóng)化新產(chǎn)品研制開發(fā)。全所每年承擔國家科技部、農(nóng)業(yè)部、省科技廳、財政廳等各級研究、成果轉(zhuǎn)化及橫向協(xié)作課題35~40項，年爭取科研經(jīng)費300萬元以上。全所現(xiàn)有大中型科研儀器50多臺（套）。1978年以來，共取得科研成果170多項，有168項獲獎，其中國家二等獎3項，省部級一等獎19項。育成并通過審（認）定小麥、玉米、棉花、油菜、甘薯、油葵、蔬菜等新品種60個，在華北及新疆生態(tài)區(qū)累計推廣面積數(shù)千萬公頃，創(chuàng)社會經(jīng)濟效益數(shù)十億元。
加強作物種質(zhì)資源創(chuàng)新利用及新品種選育研究，一直是全所科研工作的重中之重。建所以來，育成并通過審定新品種60個（棉花23個、小麥21個、玉米6個、葵花3個、甘薯2個、西葫蘆1個、油菜2個、番茄1個、真姬菇1個）這些品種集豐產(chǎn)、抗逆、優(yōu)質(zhì)于一體，并且各具特色，適宜不同的生態(tài)區(qū)和不同種植方式，如棉花品種有轉(zhuǎn)基因抗蟲棉、抗病棉、耐旱堿棉、短季棉等類型；小麥品種有高水肥、中水肥、耐旱、優(yōu)質(zhì)等類型，同時還研究形成了各優(yōu)良品種的配套栽培技術(shù)，限度地發(fā)揮良種的增產(chǎn)作用。這些品種累計推廣9000多萬畝，創(chuàng)社會經(jīng)濟效益數(shù)十億元。晉麥47是該所選育的旱地小麥新品種，1998年通過國家審定，同時通過陜西省審定，該品種高產(chǎn)、 穩(wěn)產(chǎn)、品質(zhì)好，抗逆性強，是我國旱地小麥育種的重大突破，目前已在我國黃淮麥區(qū)種植3700多萬畝，創(chuàng)社會經(jīng)濟效益13.45億元，1998年獲農(nóng)業(yè)部二等后補助獎勵，2001年獲國家科技進步二等獎。
在棉花高產(chǎn)高效栽培技術(shù)研究領(lǐng)域成果豐碩。比較突出的成果有棉花地膜覆蓋栽培技術(shù)，它是從該所興起，以該所的技術(shù)力量為主，協(xié)同全國同行集中攻關(guān)，形成系列配套技術(shù)，向全國推廣。這項技術(shù)的推廣使我國的棉花生產(chǎn)水平上了一個大臺階，目前已成為我國棉花高產(chǎn)技術(shù)上一項必不可少的重要措施。棉花葉齡模式化學調(diào)控技術(shù)，是在地膜覆蓋的基礎(chǔ)上又一項突破性技術(shù)。它使我國的棉花栽培技術(shù)形成了一個完整的體系，扎扎實實地在生產(chǎn)中得到廣泛應(yīng)用。這兩項成果相繼獲得農(nóng)業(yè)部一等獎和國家三等獎。
另外，該所在農(nóng)業(yè)機械、農(nóng)作物立體種植、農(nóng)作物多元覆蓋、農(nóng)作物病蟲害防治等方面都有新的技術(shù)向農(nóng)民推廣。
山西棉花所還是國內(nèi)早開展棉花生物技術(shù)研究的省級研究所。八十年代末曾在國內(nèi)首次成功地培育出棉花體植株和棉花原生質(zhì)體再生植株，均填補了國內(nèi)空白，先后獲得農(nóng)業(yè)部一等獎�！鞍宋濉币詠�，一直承擔國“863”計劃項目，開展轉(zhuǎn)基因抗蟲棉的研制，研究和建立了利用農(nóng)桿菌介導(dǎo)法轉(zhuǎn)移棉花外源基因的高效轉(zhuǎn)化體系，先后獲得轉(zhuǎn)基因抗除草劑棉花和轉(zhuǎn)基因抗蟲棉，受到國內(nèi)生物技術(shù)界矚目。同時與中科院遺傳所、微生物所，中國農(nóng)科院生物技術(shù)研究所，北京大學，中科院上海植生所等保持長期合作關(guān)系，在棉花轉(zhuǎn)基因 理論和方法研究方面不斷創(chuàng)新，獨領(lǐng)風騷。轉(zhuǎn)Bt抗蟲基因棉花晉棉26號是該所研制的我國個通過審定的轉(zhuǎn)基因抗蟲棉，其無論在學術(shù)上還是在實際應(yīng)用方面都具有廣泛的影響，可以說棉花所是目前國內(nèi)農(nóng)桿菌介導(dǎo)轉(zhuǎn)化棉花外源基因成功的單位，具有先進的生物技術(shù)實驗室，配備有進行棉花外源基因轉(zhuǎn)化和檢測的成套設(shè)備和先進儀器，除進行棉花轉(zhuǎn)基因研究外，同時開展小麥、玉米、油葵、蔬菜等作物轉(zhuǎn)基因研究。 該所還是山西省早開展植物脫毒技術(shù)研究與開發(fā)的省級研究所。利用微莖尖組織培養(yǎng)及配套快繁技術(shù)開展甘薯、馬鈴薯、地黃、大蒜等脫毒技術(shù)的研究與產(chǎn)業(yè)化開發(fā)，并形成了完整的科研、生產(chǎn)及開發(fā)體系。甘薯、地黃脫毒種苗已進入工廠化生產(chǎn)，累計推廣500余萬畝。目前開展藥用植物丹參、半夏等脫毒技術(shù)研究。
近年來，研究所為適應(yīng)科技體制改革需要，加速科技創(chuàng)新和科技成果轉(zhuǎn)化，以各研究機構(gòu)和科技成果為依托，以“三聯(lián)科技開發(fā)總公司”為龍頭，帶動了農(nóng)業(yè)科技產(chǎn)業(yè)的蓬勃發(fā)展。