新疆農(nóng)墾科學(xué)院是兵團(tuán)直屬的綜合性科研單位，也是兵團(tuán)學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)，其前身是1959年成立的兵團(tuán)農(nóng)科所，1969年在文化大革命中被解散，1979年經(jīng)自治區(qū)批準(zhǔn)恢復(fù)并改名為“新疆農(nóng)墾科學(xué)研究院”,1983年4月由農(nóng)業(yè)部正式命名為“新疆農(nóng)墾科學(xué)院”.院以解決兵團(tuán)農(nóng)業(yè)產(chǎn)業(yè)發(fā)展過程中共性、關(guān)鍵性的技術(shù)為工作重點(diǎn)，是實(shí)施有兵團(tuán)特色區(qū)域創(chuàng)新體系建設(shè)的重要組成部分。院下設(shè)作物研究所、棉花研究所、機(jī)械裝備研究所、畜牧獸醫(yī)研究所、水利土壤研究所、林園研究所、農(nóng)產(chǎn)品加工研究所、科技信息研究所和分子農(nóng)業(yè)技術(shù)育種中心、農(nóng)業(yè)部食品質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測試中心（石河子）、農(nóng)業(yè)新技術(shù)推廣服務(wù)中心及省部共建國家重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室培育基地（新疆兵團(tuán)綿羊繁育生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室）、《新疆農(nóng)墾科技》編輯部、新疆農(nóng)墾科技咨詢中心、試驗(yàn)場和附屬中小學(xué)等單位。有國家博士后工作站1個、國家節(jié)水試驗(yàn)基地1個、國家棉花工程中心良種繁育基地1個，國家掛牌重點(diǎn)領(lǐng)域有：綿羊育種、節(jié)水灌溉、農(nóng)產(chǎn)品監(jiān)測、優(yōu)質(zhì)棉基地、農(nóng)業(yè)信息化5個領(lǐng)域，兵團(tuán)級學(xué)會1個（兵團(tuán)棉花學(xué)會）。
院事業(yè)編制329人，現(xiàn)在編人員304人，其中，中國工程院院士1人，正高職稱28人，副高職稱84人，中級職稱143人。各類專家47人，其中享受政府特貼專家36人，人事部、農(nóng)業(yè)部等省部級有突出貢獻(xiàn)的中青年專家17人，新世紀(jì)百千萬人才工程人選1人，兵團(tuán)學(xué)術(shù)技術(shù)帶頭人10人。
建院以來（至2008年底），共取得科技成果452項(xiàng)，獲兵團(tuán)級以上獎勵279項(xiàng)。其中獲國家科技進(jìn)步一等獎4項(xiàng)，二等獎3項(xiàng)，三等獎6項(xiàng)，省部級一等獎34項(xiàng)。“十五”以來獲國家科技進(jìn)步獎項(xiàng)目3項(xiàng)，獲兵團(tuán)科技進(jìn)步一等獎項(xiàng)目5項(xiàng)。
近20年來（至2008年底），育成麥類、雜交油葵、雜交水稻、玉米、大豆和中國美利奴（新疆軍墾型）細(xì)毛羊、肉用細(xì)毛羊等農(nóng)牧新品種62個；研制成棉花鋪膜播種機(jī)、通用精量播種機(jī)、中耕施肥機(jī)、聯(lián)合整地機(jī)等農(nóng)牧新機(jī)具26種。累計(jì)推廣先進(jìn)、實(shí)用農(nóng)牧業(yè)新技術(shù)、新品種、農(nóng)業(yè)機(jī)械等一批先進(jìn)實(shí)用的科技成果100余項(xiàng)，創(chuàng)社會經(jīng)濟(jì)效益近80億元；院科技扶貧、科技特派、科技服務(wù)團(tuán)還對自治區(qū)、兵團(tuán)20余個貧困團(tuán)場（縣）開展的科技扶貧攻堅(jiān)工程，已使其中5個農(nóng)牧團(tuán)場脫貧。對兵團(tuán)農(nóng)牧團(tuán)場增產(chǎn)增效及職工增收起到了積極的推動作用，促進(jìn)了科技開發(fā)與經(jīng)濟(jì)發(fā)展的有機(jī)結(jié)合，振興了團(tuán)場（地方）經(jīng)濟(jì)。
“十一五”以來，共完成科技成果登記（鑒定、驗(yàn)收）61項(xiàng)，申請專利37項(xiàng)，已授權(quán)13項(xiàng)，通過自治區(qū)品種審定委員會審定農(nóng)作物新品種21個；在國家、省級專業(yè)刊物上發(fā)表各類專業(yè)論文345篇。
“十一五”以來，全院共組織申報各級各類科技項(xiàng)目473項(xiàng)，獲批170項(xiàng)，爭取各級科研經(jīng)費(fèi)6000余萬元�，F(xiàn)有在研科研項(xiàng)目149項(xiàng)，其中項(xiàng)目39項(xiàng)，兵團(tuán)級項(xiàng)目81項(xiàng)，院本級項(xiàng)目29項(xiàng)。
“十一五”以來，科研條件新增投資1150萬元，新增建設(shè)面積6000余平米，科研基礎(chǔ)平臺建設(shè)投入700余萬元。目前擁有5萬元以上的科研儀器設(shè)備，64臺（套），價值1408.88萬元。并擁有100萬元以上的“液相色譜-質(zhì)譜聯(lián)用儀ANGLIENT6460”、“多重基因表達(dá)分析系統(tǒng)GENOMELAB GeXP”等高新的實(shí)驗(yàn)儀器設(shè)備。我院與中國科學(xué)院、中國農(nóng)科院、中國農(nóng)業(yè)大學(xué)、南京農(nóng)業(yè)大學(xué)、東北農(nóng)業(yè)大學(xué)、西北農(nóng)林科技大學(xué)、新疆農(nóng)科院、新疆農(nóng)業(yè)大學(xué)、石河子大學(xué)、塔里木大學(xué)等多個科研院、所及高校建立了科技協(xié)作和學(xué)術(shù)交流關(guān)系。通過國家外專局引進(jìn)國外智力等渠道，聘請了美國、德國、澳大利亞、加拿大、日本等國專家來院從事科研和學(xué)術(shù)交流。建有和兵團(tuán)級引進(jìn)國外專家和技術(shù)示范基地，為引進(jìn)智力、擴(kuò)大交流起到了積極的促進(jìn)作用。院先后榮獲自治區(qū)級文明單位、自治區(qū)綠化模范單位、石河子市花園式單位等榮譽(yù)稱號。